吉林市农业科学院始建于1908年，即清光绪34年，当时名为吉林农事试验场。后几经变革，曾经是吉林省农业科学研究所、中国农科院大豆研究所、吉林市农业科学研究所，1994年定名为吉林市农业科学院。

吉林市农业科学院是吉林地区唯一一所集农业科学研究、科技示范推广和普及、农产品质量安全检测为一体的综合性公益型农业科研单位。从事主要农作物种质资源创新与利用、农作物新品种选育、实用新技术研究、新成果示范推广及公共科普服务、农产品质量安全检测等工作。长期以面向地域经济建设开展科学研究和科技服务为宗旨，担负着全面推进吉林市现代农业发展的重要任务，为吉林地区农业农村经济发展和乡村振兴提供科技支持。

吉林市农业科学院座落于吉林市吉林经济技术开发区，占地面积120公顷，其中试验用地90公顷。现有在职职工235人，各级各类专业技术人员164人，其中副高级以上职称人员67人，中级职称人员61人，享受国务院特殊津贴人员、省市突出贡献的专业技术人才和科技创新拔尖人才、各级劳模等90余人次。

吉林市农业科学院下设水稻研究所、玉米研究所、大豆研究所、作物研究所、植物保护研究所、园艺研究所、农业资源与环境研究所，生物技术研究所、畜牧研究所、长白山特产研究所和薯类作物研究所等11个专业研究所和院长办公室、计划财务处、人事劳资处、科研管理处、保卫处、后勤管理处、机关党委等7个党政职能管理部门。目前建成的科研平台有：吉林市农产品质量监督检验中心、综合化验楼，同时建有国家农业部数据观测实验站3个，国家现代农业产业技术体系实验站3个。

建国以来，市农科院共承担国家、省（部）、市各级各类科研项目800余项，取得科技成果590项，其中先后育成农作物新品种316个，获各级各类科技奖项400项，其中国家级10项，省（部）级123项，通过鉴定及推广，获市级以上科技成果推广奖118 项。先后选育出玉米“九单、九育”系列、水稻“九稻”系列、大豆“九农”系列、高粱“九粮”系列、谷子“九谷”系列以及菜豆“九架”系列等300余个农作物新品种，被广泛应用到农业生产中，创造产值万亿元以上，为促进吉林地区粮食增产、保障国家粮食安全和吉林地区菜篮子工程建设做出了重要贡献。吉林市农业科学院曾在全国1220个独立涉农科研机构综合能力评估中排名第63位，在500家地区级科研院所中排名第23位。

近年来，为了加快科技协同创新步伐，先后与中国农业大学、吉林大学、中国科学院地理科学与资源研究所、吉林省农业科学院、吉林农业大学、延边大学、吉林农业科技学院等高校和科研院所建立交流与合作关系，与吉林西部现代农业产业园、吉林省新田地农业公司、吉林出彩农业产品开发公司、吉林市碧丰农业公司、吉林市福莱特种业公司、吉林市老爷岭农业公司、吉林省百益有机农业公司、甘肃拢盛种业公司等涉农企业建立科企合作关系，开创了产学研协同创新的新局面。

新时代呼唤新担当，新征程呼唤新作为。吉林市农业科学院正以崭新的姿态和高昂的斗志，秉承“团结诚信、求实创新、服务三农、共谋发展”的新时期农科院精神，向着既定的目标拓步前进。