吉林市农业科学院水稻研究所前身是始建于1908年，位于永吉县江密峰的日本国立水稻实验场。1964年正式成立吉林市农业科学研究所水稻研究室。1996年更名为吉林市农业科学院水稻研究所。现有科技人员14人，其中正高级职称4人，副高级职称4人、中级职称5人，硕士研究生学历以上人员8人。

建所以来，长期承担全国北方粳稻区中早粳品种区域试验、吉林省水稻品种区域试验等公益性试验、展示、示范工作。始终坚持结合吉林省中东部地区自然生态条件开展水稻高产、优质、多抗新品种选育及栽培技术研究及示范、推广等工作，先后承担国家、省、市各级各类科发项目400余项。

近年来，主要开展优质稻品种培育、北方杂交粳稻培育、直播稻培育及配套栽培技术研究工作。先后选育并通过审定的水稻品种100余个，获得各级各类科研成果奖励60余项。“九稻号”水稻品种不但在吉林省大面积推广种植，而且在黑龙江、宁夏、内蒙、辽宁北部也有大量推广应用，累计生产推广示范面积超亿亩。目前，吉林市农业科学院水稻研究所是国家现代农业水稻产业技术体系吉林市综合试验站，已建成为国家北方粳稻科研创新基地。