吉林市农业科学院畜牧研究所是吉林地区唯一的畜牧科研单位。1908年4月设立的吉林农事试验场畜牧课，掌握家禽、家畜的饲养、繁殖、管理、病害防治、品种交配及改良、天然饲料及人工饲饲料的保护、栽培、收获及储藏、畜产品加工等项试验，并负责关于畜牧的调查、讲习及劝导适宜。1994年1月，由吉林市农业科学研究所畜牧研究室更名为吉林市农业科学院畜牧科学研究所。现有科技人员7人，其中正高级职称3人、副高级职称2人、中级职称2人。

该所结合吉林地区规模化、标准化和山林特色养殖等特点，提供技术推广和圈舍内环境控制技术，培育优质特色畜产品。目前主要围绕畜禽新品种的引进与利用；地方畜禽品种资源保护与利用；畜禽重大疫病的综合防治；新饲料资源开发与利用；畜禽现代饲养管理新技术等方面开展研究工作。

畜牧所曾主持和参与了东北民猪、吉林黑猪、吉林花猪、松辽黑猪、吉林肉鸡1号和2号配套系、吉林籽鸭等优良品种的选育及推广，累计推广种猪4.4万头，推广种鸡56万只，这些品种的培育和推广为吉林省、市乃至全国畜牧业的发展作出了突出贡献。共取得科研成果21项，其中“瘦肉型商品猪饲养管理技术的研究”、“微量元素蛋白精的研制与应用”等8项科研成果获省、市级科技进步奖；“松辽黑猪瘦肉型母系新品种选育”、“优良种公牛选育及开发利用的研究”等13项成果通过省、市验收。在国家和省级的公开刊物上发表论文100余篇。2015年完成的《吉林花猪遗传资源收集与选育提高的研究》获吉林省科学技术三等奖；2016年完成的《吉林花猪品种选育及示范》获吉林市科学技术一等奖。