吉林市农业科学院大豆研究所前身为中国农业科学院大豆研究所。曾主持全国大豆科研工作，主要从事大豆遗传育种和高产栽培技术研究。承担着国家春大豆区域试验、生产试验；吉林省大豆筛选试验、区域试验等多项试验任务。

大豆研究所主要针对吉林省东部地区开展以早熟、中早熟常规品种为主的大豆品种选育研究，并在全省率先开展特殊用途大豆新品种选育工作。现有科技人员 10 人，其中正高级职称 4 人，副高级职称  4人、中级职称 2 人。

大豆研究所先后完成国家、省、市课题20余项。选育出“九农”系列优良大豆品种40多个，获得各级各类科研成果奖励20余项。其中“九农9号”大豆品种享誉全国大豆春播区域；“九农15号”除在东北三省种植外，成为河北省主推品种；“九农21号、九农26号”曾为国家春大豆、吉林省大豆区域试验、生产试验对照品种及吉林省多年的主导品种；“九农39号、九农43B”为近几年吉林省大豆主导品种。“九青豆、九久青、九农黑皮青1号、九农黑皮青2号、九芽豆1号、九鲜食豆1号、九黑豆1号、九兴豆1号、九兴豆2号”等9个品种为特殊用途品种。“九兴豆1号”是第一个吉林省审定的无腥味大豆品种；当前有10余个品种参加吉林省大豆筛选及区域试验。吉林市农业科学院大豆研究所选育的大豆品种为吉林省及全国大豆生产做出了重要贡献。