吉林市农业科学院生物技术研究所成立于2013年，是吉林地区唯一从事农业生物技术研究的科研单位。

生物技术研究所现有科研人员7人，其中正高级职称2人、副高级职称3人、中级职称2人。成立以来，开展了玉米单倍体育种；芦笋、秋葵、雪莲果等特菜栽培技术研究及新品种选育；二氧化碳气肥等生物药肥的研发及无公害、绿色农产品栽培技术研究工作。

生物技术研究所承担了吉林省科技厅课题2项，分别为（转大豆C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1提高大豆耐冷性研究）和（转大豆C2H2型锌指蛋白基因SCTF-2提高大豆耐旱性的研究）；吉林市科技局课题3项，分别为（利用单倍体技术培育高产、高抗、高配合力优质的玉米DH系）及（绿芦笋早期间套复种栽培模式研究）（吉林地区芦笋露地栽培品种引进、筛选及高产栽培技术研究）。近年来，生物技术研究所在开展课题项目研究的同时，致力于生物产业研发、科技扶贫服务及经济作物组织繁育等研究工作，努力开拓科研新领域、奔向服务现代农业建设新目标。